A coleção de Diptera do MZUSP teve sua origem na coleção da Seção de Zoologia do Museu Paulista. Essa Seção foi transferida, em 1939, para a Secretaria de Agricultura, Indústria e Comércio do Estado, erigida em repartição independente, sob o nome de Departamento de Zoologia.
Em 1939, a Divisão de Insecta do Departamento de Zoologia não contava ainda com nenhum especialista em Diptera. No entanto, a coleção deste grupo foi alvo das atenções de Messias Carrera, que tomou aos seus cuidados o trabalho de revê-la e ordená-la. Posteriormente, o mesmo veio a ser contratado para trabalhar com essa coleção. Outros pesquisadores de renome da dipterologia brasileira, com reconhecimento internacional, também trabalharam no Museu de Zoologia e ajudaram a formar este importante acervo, destacando-se, na década de 40, Maria Aparecida Vulcano d’Andretta; na década de 60, José Henrique Guimarães e Nelson Papavero; e no início da década de 70, Nelson Bernardi e Francisca do Val.
A coleção de Diptera do MZUSP teve sua ampliação a partir da metade da década de 60 e início da década de 70, com a aquisição de partes de coleções de especialistas, compra de material de coletores e coletas realizadas através de expedições organizadas pela própria Instituição. Desta maneira, foram incorporadas, por exemplo, as coleções do Frei Borgmeier (Phoridae) e a de Mauro Pereira Barretto (Psychodidae e Tabanidae); parte da coleção de Nematocera de John Lane, excluindo os Culicidae, doada pela Faculdade de Saúde Pública; exemplares comprados de coletores como Fritz Plaumann em Santa Catarina e E.L. Peña do Chile, Paraguai e Equador; exemplares de coletas realizadas na Estação Biológica da Boracéia, pertencente ao MZUSP, e nas expedições permanentes na Amazônia (EPA). Por outro lado, coletas realizadas pelos próprios especialistas do MZUSP em seus grupos de estudo, além das magníficas coleções recentemente incorporadas ao acervo, proveniente de expedições realizadas no âmbito dos Projetos “Biota FAPESP – Hymenoptera/Isoptera (Riqueza e diversidade de Hymenoptera e Isoptera ao longo de um gradiente latitudinal na Mata Atlântica – a floresta pluvial do leste do Brasil)” e “SISBIOTA Brasil – Rede temática para estudos de diversidade, sistemática, limites distribucionais de Diptera nos estados do Mato Grosso, Mato Grosso do Sul e Rondônia”, contribuíram imensamente para o aumento do acervo.
