La colección de Diptera del MZUSP teve su origen en la colección de la sección de Zoología del Museo Paulista. Esta sección fue transferida, en 1939, a la Secretaría de Agricultura, Industria y Comercio del Estado, erigida en repartición independiente, bajo el nombre de Departamento de Zoología.
En 1939, la División de Insectos del Departamento de Zoología no contaba aún con ningún especialista en Diptera. No obstante, la colección de este grupo fue blanco de las atenciones de Messias Carrera, que tomó a sus cuidados el trabajo de reverla y ordenarla. Posteriormente, él vino a ser contratado para trabajar con esa colección. Otros investigadores de renombre de la dipterología brasileña, con reconocimiento internacional, también trabajaron en el Museo de Zoología y ayudaron a formar este importante acervo, destacándose, en la década del 40, Maria Aparecida Vulcano d’Andretta; en la década del 60, José Henrique Guimarães y Nelson Papavero; y en el inicio de la década del 70, Nelson Bernardi y Francisca do Val.
La colección de Diptera del MZUSP fue ampliada a partir de la mitad de la década de 1960 e inicio de la década de 1970, con la adquisición de partes de colecciones de especialistas, compra de material de colectores y colectas realizadas a través de expediciones organizadas por la propia Institución. De esta manera, fueron incorporadas, por ejemplo, las colecciones del Frei Borgmeier (Phoridae) y la de Mauro Pereira Barretto (Psychodidae y Tabanidae); parte de la colección de Nematócera de John Lane, excluyendo los Culicidae, donada por la Facultad de Salud Pública; ejemplares comprados de colectores como Fritz Plaumann en Santa Catarina y E.L. Peña de Chile, Paraguay y Ecuador; ejemplares de colectas realizadas en la Estación Biológica de Boracéia, perteneciente al MZUSP, y en las expediciones permanentes en la Amazonia (EPA). Por otro lado, colectas realizadas por los propios especialistas del MZUSP en sus grupos de estudio, además de las magníficas colecciones recientemente incorporadas al acervo, proveniente de expediciones realizadas en el ámbito de los Proyectos “Biota FAPESP – Hymenoptera/Isoptera (Riqueza y diversidad de Hymenoptera e Isoptera a lo largo de un gradiente latitudinal en la Floresta Atlántica – la floresta pluvial del este de Brasil)” y “SISBIOTA Brasil – red temática para estudios de diversidad, sistemática, límites distribucionales de Diptera en los estados de Mato Grosso, Mato Grosso do Sul y Rondônia”, contribuyeron inmensamente para el aumento del acervo.
