La colección herpetológica del Museo de Zoología reúne el mayor acervo de reptiles y anfibios sudamericanos del mundo, figurando entre las seis mayores colecciones herpetológicas existentes. Cuenta actualmente con cerca de 260.000 ejemplares (120.000 reptiles y 140.000 anfibios) siendo que 468 de ellos son especies-tipo, una colección de tejidos con aproximadamente 6.850 muestras y una colección de esqueletos con más de 1.000 ejemplares preparados en seco o diafanizados. Sus colecciones vienen siendo digitalizadas para permitir su mejor gestión. Ha sido continuamente usada por especialistas de Brasil y del exterior como base indispensable para investigaciones y en la formación de recursos humanos en el posgrado. Recibe, anualmente, más de 30 visitantes de Brasil y del exterior. Incontables alumnos de iniciación, perfeccionamiento, master y doctorado, hoy trabajando en las más diversas instituciones brasileñas, también visitan la colección de Herpetología para complementar allí sus investigaciones. Actualmente, la colección de Herpetología del MZUSP representa referencia necesaria para cualquier investigador que realice trabajo de revisión sobre la herpetofauna Neotropical. El papel destacado de la colección contribuye también para que esta sea elegida preferentemente por los investigadores que desean depositar grandes colecciones y material-tipo oriundo de sus investigaciones.
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