La colección mastozoológica del Museo de Zoología de la USP se originó, juntamente con la mayoría de sus demás colecciones, en la fundación del Museo Paulista, en 1895. La colección de mamíferos del MZUSP fue iniciada por el primer director del Museo Paulista, el naturalista alemán Hermann von Ihering, que inclusive publicó una lista de los mamíferos del Estado, solicitando contribuciones de especímenes a los lectores. Los primeros ejemplares de la colección, declarados en 1895 y de allí en adelante hasta el inicio del siglo XX, fueron preparados para ser expuestos al público, de modo que se desgastaron a lo largo del tiempo y fueron descartados. Pocos ejemplares del siglo XIX aún persisten. Muchas de las colecciones del Museo Paulista no poseían curadores exclusivos en el inicio del siglo XX. En los años 1930, durante la gestión del Dr. Oliverio Mario de Oliveira Pinto, la Mastozoología pasó a contar con su primer curador efectivo, el Dr. Carlos Octaviano da Cunha Vieira, que continuó en el cargo hasta su fallecimiento, en 1958. La llegada de Carlos Vieira a la Mastozoología del Museo coincidió aproximadamente con la transferencia de las instalaciones al predio actual, entonces Departamento de Zoología de la Secretaría de Agricultura del Estado de São Paulo. Vieira fue el responsable por la modernización de la colección, y pasó a publicar sinopsis taxonómicas de las principales expediciones de colecta realizadas por el Museo, habiendo también publicado una serie de trabajos monográficos sobre los murciélagos brasileños, y otros grupos de mamíferos paulistas, como los primates, carnívoros, xenartros, marsupiales y roedores. Estos catálogos sucesivos lo llevaron a compilar material para su mayor obra, un catálogo de los mamíferos brasileños. Su otro legado fue el expresivo crecimiento de la colección, que pasó de unos 2000 ejemplares a más de 15.000. En 1960 y 1961, el Dr. Cory Carvalho trabajó en la Mastozoología del Museo, pero se transfirió al Instituto Forestal, y la colección quedó sin un curador exclusivo hasta 1999, cuando asumió Mario de Vivo, que se jubiló en 2017.
Actualmente, el MZUSP no cuenta con un curador especialista en el grupo, pero la colección continúa creciendo y siendo estudiada por varios investigadores brasileños y extranjeros, que visitan la colección y/o reciben material como préstamo.
