O nascimento da Coleção Ictiológica no MZUSP remonta ao final do século XIX, anterior à fundação de sua atual afiliação institucional. O crescimento da coleção foi modesto, mas constante nos primeiros anos até a década de 1920. Essa expansão foi interrompida nas décadas seguintes, mas a situação mudou drasticamente na década de 1960. Foi quando os curadores Heraldo Bristki e Naércio Menezes foram contratados e o programa Expedição Permanente à Amazônia (EPA) começou, desencadeando oito anos de intensas coletas de peixes amazônicos. Importantes adições às explorações de peixes marinhos ocorreram no final dos anos 1960 e início dos anos 1970, com a contratação do curador José Lima de Figueiredo e as expedições do navio oceanográfico ‘Prof. W. Besnard ‘ao longo da costa brasileira. Em meados da década de 1970, a coleção contava com mais de 200.000 espécimes, uma ordem de magnitude maior que os números anteriores a 1960. Em 1969, o museu foi incorporado à Universidade de São Paulo e os três curadores de peixes tornaram-se professores, iniciando assim suas carreiras como orientadores acadêmicos nos níveis de graduação e pós-graduação. A atividade contínua de pesquisa desses professores e de seus alunos resultou num fluxo contínuo de material para a coleção. Nesse período, a Seção de Peixes do MZUSP alcança relevância internacional e estabelece parcerias de longo prazo com instituições estrangeiras. Nos anos 80, uma adição marcante foi a incorporação de uma grande coleção de peixes da Amazônia construída por M. Goulding. No mesmo período, Osvaldo Oyakawa é contratado como técnico e gerente de coleção. A informatização e o banco de dados da coleção começam na década seguinte. Entre os vários projetos ativos nos anos 1990 e 2000, o PRONEX gerou enormes quantidades de material ictiológico de diferentes localidades do país. Outros projetos importantes foram o Calhamazon e o ReviZEE. Mário de Pinna foi contratado como professor e curador em 2000 e ampliou a abrangência amostral da coleção para outros continentes, principalmente para África e a Ásia. Contratações recentes incluem Michel Gianeti (2010) como técnico de laboratório e Aléssio Datovo (2014) como Professor e Curador. Os projetos recentes “South American Characiformes Inventory” (SACI) e “Diversity and evolution of Gymnotiformes (Teleostei, Ostariophysi)” promoveram o aporte de grandes quantidades de material, especialmente de drenagens amazônicas.
