A coleção de Lepidoptera começou a ser formada no final do século XIX, quando parte das coleções zoológicas que hoje abrigam o prédio do MZUSP, pertenciam ao Museu Paulista. Inclui material coletado por E. Garbe, H. Luederwaldt e R. Spitz no início do século XX. Em 1939, o acervo foi transferido para o Departamento de Zoologia da Secretaria de Agricultura que, em 1969, foi incorporado à Universidade de São Paulo e denominado Museu de Zoologia. Na década de 1940, o Departamento de Zoologia da Secretaria de Agricultura contratou Lauro Travassos, que iniciou expedições com ênfase na coleta de lepidópteros noturnos. Especialista na família Ctenuchidae (atualmente Ctenuchini), ele investiu emcoletas sistematizadas no Estado de São Paulo. Lauro Travassos foi o último curador contratado da Coleção de Lepidoptera do MZUSP, onde permaneceu até 1969. Em 2006, o MZUSP contratou o pesquisador Marcelo Duarte que, até então, era bolsista e Jovem Pesquisador da FAPESP para desenvolver o projeto “Sistemática, Bionomia e Evolução de Lepidoptera Neotropicais” (2003-2006). Desde a revitalização do Laboratório de Sistemática de Lepidoptera, a coleção vem recebendo especial atenção do pesquisador e seus alunos para conservá-la e incrementá-la, com o compromisso de torná-la acessível para o maior número possível de interessados.
Extremamente importantes foram os auxílios concedidos pela FAPESP para bolsistas de treinamento técnico e pesquisadores visitantes que, em colaboração com o Prof. Duarte, devolveram à coleção o destaque internacional de décadas passadas, o que pode ser comprovado com os recentes depósitos de holótipos e parátipos de alguns pesquisadores estrangeiros.
