O Programa de Pós-Graduação em Sistemática, Taxonomia Animal e Biodiversidade do MZUSP iniciou suas atividades em 2011, embora o MZUSP tenha desempenhado papel de grande formador de gerações de zoólogos desde meados da década de 1970, quando pesquisadores do MZUSP figuravam entre o quadro docente dos primeiros Programas de Pós-Graduação do país. Ao longo da história do MZUSP, cerca de 500 pós-graduandos concluíram suas teses e dissertações sob orientação dos docentes da casa. A ideia de fundar um Programa próprio sempre fez parte dos principais anseios dos nossos antecessores. Tal conquista permitiu concretizar, intramuros, a missão do MZUSP de formar especialistas em determinados grupos de organismos através do estudo da biodiversidade e seus padrões evolutivos, com ramificações em áreas como evolução, taxonomia e reconstrução filogenética. Uma vez que o Programa está inserido em um Museu de História Natural, e a maior parte de seu corpo docente é composta por curadores de coleções científicas, aqui os alunos adquirem sólida formação em pesquisas com base em acervos e em curadoria, além de serem altamente capacitados para atuar nas áreas de Sistemática, Taxonomia e Biodiversidade.
O Programa de Pós-Graduação em Sistemática, Taxonomia Animal e Biodiversidade do MZUSP congrega docentes e alunos que desenvolvem pesquisas relacionadas principalmente à taxonomia, filogenia, classificação biológica, evolução, coevolução, biogeografia, filogeografia e biologia comparada de diferentes linhagens de animais viventes e fósseis.
Os projetos de pesquisa desenvolvidos no Programa abrangem diversos grupos de invertebrados e vertebrados que habitam diferentes biomas e ambientes, com especial ênfase à fauna Neotropical. Os temas dos projetos e pesquisas frequentemente combinam componentes clássicos da zoologia, tais como a análise de dados morfológicos e de história natural, com ferramentas mais modernas, incluindo dados moleculares e análises computacionais sofisticadas. Muitos estudos abordam padrões de distribuição geográfica dos táxons, englobando ferramentas de análise de filogeografia e biogeografia. Estudos teóricos sobre inferência filogenética e padrões evolutivos, biologia comparada, história e ensino do pensamento evolutivo, assim como de suas narrativas em museus de história natural, também fazem parte da temática abordada em nosso Programa.
O Programa reforça o reconhecimento do MZUSP como centro de excelência na formação de docentes pesquisadores e, desta forma, atrai continuamente um grande número de alunos de muitos estados brasileiros e de outros países.
Em 2019, o programa passou a contar com 17 Docentes Permanentes (90%), sendo 41% deles exclusivos, e 2 Docentes Colaboradores (10%). Nosso Núcleo Permanente contou em 2019 com 11 bolsistas de produtividade em Pesquisa do CNPq (64,7% do NP), 13 pesquisadores com índice H (Base Scopus) maior ou igual a 10 (76,4% do NP) e 5 com índice maior ou igual a 15 (29,4%). Em conjunto, os docentes do NP receberam 3.701 citações em 2019 (média de 218 citações por docente) e quase 16.000 nos últimos cinco anos (média 941,17).
