O Programa de Pós-Graduação em Sistemática, Taxonomia Animal e Biodiversidade abre dois processos seletivos por ano para ingresso de novos alunos. Previamente à inscrição no processo seletivo, o candidato deverá obter uma carta de aceite de um orientador credenciado no Programa.
O processo seletivo normalmente envolve quatro etapas:
1. Prova de conhecimentos específicos
2. Teste de proficiência em língua inglesa
3. Arguição sobre o projeto de pesquisa
4. Análise de currículo
Egressos do de Pós-Graduação em Sistemática, Taxonomia Animal e Biodiversidade são dispensados das Etapas 1 e 2. Também são dispensados da Etapa 2 candidatos estrangeiros cujo idioma nativo seja o inglês ou portadores de certificados de proficiência em inglês emitidos por agências externas reconhecidas (por exemplo, TOEFL), desde que respeitadas as pontuações estabelecidas no Edital de Seleção.